香港大学自资课程至少有七个课程设了两种学费，非本地生学费高出一成到五成，差额最多达3.78万元。有非本地生团体表示，明白大学有自主权决定学费，对于两种学费只有无奈接受。

据世界经理人学堂报道http://school.icxo.com讯，由于自负盈亏课程不含政府资助，并已收取成本，现在香港各大院校差不多所有的自资课程，无论学生是否本地生，均会划一学费，唯独港大与此不同，设置了两种收费。

港大数据显示，07/08学年有六个硕士及一个深造文凭课程，非本地生需要付出“比较贵”的学费，金额比本地生普遍高出一至二成，其中新闻学硕士课程的非本地生更贵达五成，以今学年计折实差额最多达3.7万元。而除此数个课程外，港大其余自资课程均划一收费，“一校两制”情况明显存在。 

港大教务长韦永庚解释，教资会曾经要求院校为非本地生订出一个最低收费，那时的水平该是6万元，但本地生却无限制，可以较低；一般来说随着课程加费，本地生亦会超过6万元，两者应会看齐。

不过，有关解释并不适用于所有两种学费课程，港大新闻及传媒研究中心主任陈婉盈表示，新闻学硕士课程开设初期亦是收取划一学费，近数年始改为参考美国做法，非本地生收取较贵学费，“他们没有在本地纳税，负担多些也正常。”

该课程以国际定位，香港、大陆及国际学生约各占1/3，非本地生学费即使较高，折合亦只是约1.5万美元，仍较外国同等水平的课程低一半，并不影响收生竞争力，如果学生有经济困难，学校每年有百万元的奖助学金可以提供。

陈婉盈还举例说，数年前当课程仍划一收费时，曾经有美国学生获奖学金来港，金额近20万港元，扣除学费后仍有10多万可作生活费，让其可租住“豪宅”，情况并不合理。

大陆毕业生联谊会执行副主席李欢表示，大学自资课程有权自订学费，以市场制度运作无可厚非，而非本地生的角色被动，纵使学费较高，觉得不公平亦只有无奈接受。希望大学能了解非本地生的特别需要，在课程收费较高时也要提供相应的增值，例如就业支持及生活指导方面，“同学来香港都是希望有所发展；如果付出多50%学费，得到的只与本地生一样，觉得不值也很自然。”